من أبرز الأدوية التي يستخدمها الأطباء لعلاج تكيسات المبايض هي حبوب منع الحمل ، وذلك لأن لها مفعولين مزدوجين هما منع الحمل وتنظيم الدورة الشهرية وبالتالي عندما تنتظم الدورة الشهرية فذلك يعني أن البويضة تصل لحجمها الطبيعي وبالتالي أن مشكلة تكيس المبايض قد تم علاجها.
هناك حبوب أخرى وأدوية تستخدم لتحفيز التبويض وتنشيط عمل المبايض وهي متنوعة وكثيرة وقد يصف للمريضة أي نوع منها وذلك حسب حالتها وطبيعة جسمها ، إذا لم تفلح مع المريضة العلاج بالأدوية فيمكن اللجوء إلى العلاج بالجراحة وهناك طرق متعددة.
عملية إزالة تكيسات المبايض بواسطة المنظار وذلك كي يتم التخلص من التكيسات نهائياً وفق إشراف الطبيب المختص.
عملية التلقيح الصناعي أو حتي اللجوء إلى الحقن المجهري وذلك بالقيام بتلقيح البويضة بالحيوان المنوي لكي يحدث الحمل وذلك في حال فشل حدوث الحمل بالرغم من كل المحاولات السابقة.
